BIN 3 - Codon Gebruik

---

Codon Gebruik en Bias

• 64 Codons
  • 61 coderen voor aminozuren
• er zijn 20 aminozuren
• Synonieme codons (triplets) in coding DNA
  • Dit kan bias vertonen
    • Dit kan verschillen tussen genen in een organisme en tussen organismes
    • Voorkeur voor bepaalde codons in genen met Hoge Expressie
    • Ligt aan de tRNA repetoire/beschikbare tRNA en andere factoren
    • mogelijke selectie voor bepaalde codons van wege door translatie optimalisatie en vouw stabiliteit van mRNA

Codon gebruik

• Hoe makkelijk een gen wordt getransleerd ligt aan tRNA’s die aanwezig zijn.
• Codon gebruik = gebruik van de codons in een gen of organisme

Correlatie tussen

• GC content op de derde positie van een codon in een gen GC3
  • GC3 ~40% in L1 en L2
  • GC3 ~80% in H1, H2 en H3
• GC content in een bepaalde regio’s.

Codon Bias

• Codon bias = de voorkeur van een organisme voor het gebruik van bepaalde codons ten opzichte van andere codons.

Als codon WEL de Bias heeft → Translatie snel Als codon NIET de Bias heeft → Translatie Langzaam

CpG Island

• Regulatie element: C gevolgd door G
  • 5’ --- C --- Phosfaat --- G --- 3’
• Met C (naast een G) vaak gemethyleerd
  • Gemethyleerde C’s kunnen makkelijk naar een T muteren
• Methylering resulteerd in werving van een eiwitcomplexen die zorgen dat DNA strakker oprolt
  • dit remt actieve transcriptie