Codon gebruik en bias
64 codons, 61 coderen voor aminozuren.
Er zijn 20 aminozuren.
Synonieme codons (triplets) in coding DNA kunnen bias vertonen in hun gebruik.
- Kan verschillen tussen genen in een organisme en tussen organismen.
- Voorkeur voor bepaalde codons in genen met hoge expressie.
- Ligt aan de tRNA repertoire/beschikbare tRNA en andere factoren.
- Mogelijk selectie voor bepaalde codons door translatie optimalisatie en vouw stabiliteit van mRNA. Codon gebruik = Gebruik van codons in een gen Codon Bias = Voorkeur van een organisme om bepaalde codons te gebruiken.
- hangt samen met aantallen van bepaalde tRNA’s tRNA = transfer RNA
Codon gebruik is soms niet hetzelfde als Codon Bias
- Als codon gebruik = codon Bias → Translatie snel
- Als codon gebruik != codon Bias → Translatie langzaam
