Materiaal en methode

Wat en waarom

Waarom M&M: Zodat er geen plagiaat wordt gepleegd en lezers de bronnen zelf kunnen bekijken en doorlezen.

Wat is M&M: Er wordt beschreven wat er gedaan is, hoe het gedaan is, en welke bronnen ervoor gebruikt zijn.

Opbouw M&M

De 4 basis componenten van de materiaal en methoden zitten in de tabel hieronder

Per experiment worden (een aantal van) de onderdelen gebruikt

Per experiment geef je de Materiaal en Methode samen, dus 5 paragrafen want in deze periode waren er 5 experimenten

Doorgestreept = is voor lab bedoeld, zullen wij dus niet gebruiken

Onderdeel	Niet alle onderdelen hoeven gebruikt te worden
1	a. Geef een algemene introductie en overzicht van de materialen/methode. b. Herhaal het doel van het werk. c. Geef aan waar het gebruikte materiaal vandaan komt. d. Geef essentiële achtergrond informatie.
2	a. Geef specifieke en precieze details over materialen en methode (bv hoeveelheden, temperatuur, duur, volgorde, condities, locaties, grootte) b. Verklaar de gemaakte keuzes. c. Geef aan dat de juiste voorzorgsmaatregelen genomen zijn.
3	a. Relateer de materialen en methode aan andere studies
4	a. Geef aan waar problemen optraden

M&M tutor periode 2

1. Stamboom analyse
   1. Doel: over ervingspatroon vaststellen
   2. Materiaal: stamboom
      1. van X aantal generaties met Y aantal mensen
   3. hou het op 2 a 3 zinnen in dat paragraaf
2. Diagnose stellen met omim
   1. Doel: diagnose stellen
   2. Materiaal:
      • Gebruikte zoektermen/strategie/filters
      • OMIM(vol uit 1 keer)(ref)
3. Mutatie analyse
   1. Doel: vaststellen of het kandidaat gen een pathogene mutatie bevat
   2. Materiaal:
      • Gen-naam(accesiecode)(ref)
      • NCBI(refseq),
      • Primerontwerper (primerblast)(ref)
        • parameters
        • primersequentie
      • PCR om te vermeerderen
        • (ref → lab protocol)
        • Gelektroforese
          • (ref → lab protocol)
      • Sanger sequencing
        • (dit heb je niet gedaan, maar doe maar alsof)
        • (ref naar een artikel waar ze sanger sequencing doen)
          • (sanger sequencing zoals → neveling kort & nevling full)
      • vergelijken met refseq
        • dbSNP(ref)
        • ClinVar(ref)
4. Targeted exome sequencing
   1. Doel: pathogene variant vinden in 111 RP genen=
   2. Materiaal:
5. Whole exome sequencing
   1. Doel: het vinden van de pathogene variant in alle exonen
   2. Materiaal:

Regels en voorbeelden

1. Per experiment chronologisch beschrijven. Kopjes mogen gebruikt worden.
2. Gebruik de voltooide tijd! En niet vanuit de ik-vorm → Ik incubeerde het mengsel drie dagen bij 37 graden. (fout) Of: → Het mengsel is drie dagen geïncubeerd bij 37 graden. (goed)
3. Geen resultaten of discussie beschrijven.
4. Geen overbodige informatie geven. → Voor het op ijs zetten van het mengsel is een blauwe emmer gebruikt.